Boletín semanal
Boletín nº16 22/04/2025

CONSULTAS FRECUENTES
¿Puede o no puede Hacienda inspeccionar las deducciones por I+D+i en el Impuesto de Sociedades?
Antonio Millán, Abogado, Departamento Jurídico de Supercontable - 21/04/2025

Hace apenas seis meses las empresas recibían con "alivio" la decisión del Tribunal Supremo que ponía "coto" a la actuación de la Agencia Tributaria de inspeccionar cómo están aplicando las empresas las deducciones fiscales por inversión en I+D+i.
Las empresas que contasen con un informe favorable del Ministerio de Ciencia e Innovación no se verían sometidas al escrutinio de la Hacienda Pública porque dicho informe es vinculante para la Agencia Tributaria, que no puede desconocerlo ni contradecirlo.
Sin embargo esa "alegría", o al menos esa "tranquilidad" de no sufrir el "acecho" de Hacienda, ha durado poco porque el TEAC ha dictado una resolución, de Febrero de 2025, en la que, "contraviniendo" al Tribunal Supremo, autoriza a la Agencia Tributaria a revisar y comprobar los gastos que las empresas imputan para aplicarse las deducciones de I+D+i.
Los que nos dedicamos al asesoramiento jurídico estamos acostumbrados a estas "contradicciones", pero es comprensible y lógico el desconcierto que situaciones como esta, provocan en el administrado, en este caso las empresas que se han aplicado estas deducciones.
Entonces,...
¿Puede o no puede inspeccionar Hacienda las deducciones de I+D+i que realizan las empresas?
Para dar respuesta a la pregunta debemos acudir al análisis de las resoluciones de ambos tribunales y descubrir si estamos ante una contradicción real o solo "aparente". Solo así podremos conocer qué puede o no hacer Hacienda en este caso.
El Tribunal Supremo, en la Sentencia 1567/2024, de 8 de Octubre, y las Sentencias 1572/2024 y 1573/2024, de 9 de Octubre, fijó criterio sobre la posibilidad - o facultad - de la Agencia Tributaria para inspeccionar las deducciones que las empresas aplican en el Impuesto de Sociedades por haber realizado inversiones en materia de I+D+i.
Para el Alto Tribunal, en el ámbito temporal de aplicación del TRLIS de 2004, el informe favorable emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación para la deducción por innovación tecnológica vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal concepto, sino también en las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano al que se consulta, hayan sido objeto de evaluación positiva.
En particular, tales informes vinculantes no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta.
Y añade:

...nada puede ser y no ser al mismo tiempo, lo que traducido a las características de este asunto, equivale a decir que la misma Administración, a través de distintos órganos y dependencias, no puede sostener que una actividad constituye innovación tecnológica y no lo constituye; que una deducción fiscal es procedente y, a un tiempo, no lo es; que un informe que la ley reputa vinculante, sin límites, no es vinculante porque puede ser privado de su valor y eficacia.
En definitiva, ese informe vinculante para la Administración incorpora todos los elementos precisos para que la sociedad a quien beneficia pueda aplicar la deducción en la cuota íntegra del impuesto sin temor a ser corregida por ulteriores opiniones de los órganos internos de la Administración, en este caso, de la Hacienda Pública, que, además, no poseen conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción.
Y, ante un argumento tan contundente del Tribunal Supremo,...
¿por qué dice el TEAR que la Agencia Tributaria sí puede inspeccionar esta deducción?
El Tribunal Económico-Administrativo Central, en Resolución 6078/2022, de 25/02/2025, establece que la norma fiscal sí permite a la Hacienda Pública un margen de actuación respecto a la comprobación de los gastos que deben integrar la base de deducción por innovación tecnológica.
El argumento que esgrime el TEAC, para apartarse del criterio del Supremo es que la jurisprudencia del TS se refiere al Texto Refundido de la Ley del Impuesto de Sociedades de 2004 (y así expresamente se indica en las sentencias).
Sin embargo, para el TEAC no resulta aplicable a la vigente Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades porque su redacción limita el alcance del informe del Ministerio, señalando que vincula solo en relación con la calificación de las actividades como actividades de I+D+i, pero no en cuanto a la cuantificación y comprobación de los gastos que sirven de base para la deducción fiscal.
Por tanto, para el TEAC, la jurisprudencia del TS es aplicable para ejercicios anteriores a 2015, pero no para los sujetos a la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades.
En conclusión...
La respuesta a la pregunta planteada en el título del comentario se responde, como ocurre tantas veces en derecho, con un "depende", como dice la conocida canción de "Jarabe de Palo".
Dependiendo del ejercicio fiscal y de la norma que le resulte de aplicación, la AEAT tendrá o no potestad inspeccionar las deducciones por I+D+i en el Impuesto de Sociedades, porque, por imperativo legal, el valor del informe emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación "no vincula" igual en un momento u otro.
Un apunte final:
Al principio nos planteábamos si la contradicción era real o aparente y, a nuestro juicio, compartiendo opinión con otros expertos fiscalistas, creemos que hay margen para discutir el criterio del TEAC y sostener que la doctrina del Tribunal Supremo es plenamente aplicable también bajo la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades, porque:
- El principio de seguridad jurídica, basado en el hecho de que el contribuyente actúa amparado por un informe emitido por el Ministerio competente en los proyectos como de innovación tecnológica, no se ve afectado por la distinta redacción de la LIS.
- Los verdaderos expertos en la innovación tecnológica de la que surge la deducción fiscal son los que integran el Ministerio de Ciencia e Innovación y no los inspectores de la AEAT, no poseen conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica.
- La incidencia del principio de personalidad jurídica única de la Administración, que vincula a todos los órganos o dependencias de la misma, incluida la AEAT, y que impide que una cosa pueda ser y no ser al mismo tiempo, no se ve afectado por la distinta redacción de la LIS.
Quedaremos a la espera de ver cuál es el proceder de la AEAT a partir de ahora y de si se produce, en el futuro, un nuevo pronunciamiento del Tribunal Supremo respecto de la actual Ley del Impuesto sobre Sociedades.